Fritz Peyer-Müller studierte in Basel, Bern, Zürich und Ungarn Theologie und promovierte in osteuropäischer Kirchengeschichte.
Nach Tätigkeiten als Pastor in der Stadtmission Luzern und als Projektleiter beim Hilfswerk der Evangelischen Kirchen der Schweiz war er von 2003 bis 2017 Rektor des Instituts für gemeindeorientierte Weiterbildung (IGW).